En la actualidad se considera como el único tratamiento disponible capaz de modificar el curso natural de la enfermedad alérgica. 

Los enfermos que reciben ITE modifican específicamente su reactividad frente al alergeno. Esto se traduce en una disminución de la reactividad tanto en pruebas cutáneas como en provocaciones nasales, bronquiales y oculares y en una mejor tolerancia del paciente a la exposición natural con el alergeno. Estos cambios, objetivables clínicamente se deben a las modificaciones que la ITE induce a nivel de la respuesta inmunológica humoral y celular frente al alergeno. 

Se recomienda seguir criterios estrictos en la selección de pacientes para inmunoterapia. Es necesaria una evidencia clara que confirme la enfermedad mediada por IgE. Un único procedimiento diagnóstico no suele ser suficiente, sino que debe realizarse una investigación alergológica amplia; la historia clínica debe ser compatible con la sensibilización encontrada, las pruebas cutáneas realizadas con procedimientos estandarizados deben ser claramente positivas, en su defecto puede determinarse la presencia de anticuerpos específicos IgE (RAST). 

La recomendaciones siguientes constituyen las indicaciones actualmente reconocidas para la inmunoterapia:

Alergia a venenos de himenopteros

Esta es una indicación absoluta. Los pacientes aceptados para la IT son los niños con reacciones graves (anafilaxia o edema de laringe) y adultos con reacciones sistémicas graves, moderadas (broncoespasmo) o leves (urticaria). Tras la confirmación mediante una prueba cutánea positiva al veneno y RAST, estos pacientes deben ser tratados con IT. A pesar de que un gran número de pacientes no presentaran una reacción sistémica en una segunda picadura, no es posible hacer una selección de pacientes de riesgo. El riesgo de picadura repetida debe ser considerado en grupos de pacientes altamente expuestos, como colmeneros o granjeros. Se debe alertar a los pacientes con reacciones locales extensas y/o débiles reacciones sistémicas pare que eviten picaduras, proporcionándoles un tratamiento de urgencia a base de jeringa precargada para uso subcutáneo de adrenalina (0,3-0,5 mg).

Alergia a los pólenes

La IT está claramente indicada en casos de rinoconjuntivitis moderadas o intensas en donde el tratamiento farmacológico con antihistamínicos y corticoides tópicos ha sido insuficiente al menos durante las últimas dos estaciones.

Está indicada en pacientes con rinitis estacionales leves, pero persistentes (3-6 meses) debido a que en su área geográfica existen polinizaciones prolongadas (por ejem. gramíneas, Parietaria ).

Obviamente la IT está también indicada cuando la polinosis cursa con síntomas de asma bronquial, que le obliga al paciente a usar un gran numero de fármacos.

En pacientes polisensibilizados a pólenes, es importante seleccionar sólo el polen clínicamente más relevante para evitar vacunas con poca potencia.

Alergia a los ácaros del polvo doméstico

La IT parece ser efectiva en la rinitis por ácaros y puede usarse en el asma perenne, cuando los ácaros son los únicos agentes causales. En los niños monosensibilizados a ácaros, la inmunoterapia no sólo les reduce los síntomas y consumo de medicación sino que les previene de futuras sensibilizaciones a otros neumoalergenos.

Alergia a epitelios de animales

La línea principal de tratamiento es la evitación del alergeno, sin embargo en algunos casos es aceptable la IT, en pacientes con alergia ocupacional de cuyo trabajo depende su subsistencia, o bajo circunstancias sociales especiales, como es el caso de niños (con rinitis sin asma) emocionalmente ligados a un animal. Puede también estar indicada en pacientes con asma por alergia al gato, que persiste, a pesar de haber quitado la mascota de casa.

Alergia a Hongos

Se suele realizar en los pacientes monosensibles o cuya repercusión clínica sea casi exclusivamente por Hongos.